Siden allergi blev beskrevet første gang i begyndelsen af det 19. århundrede har sygdommen altid været de velstilledes sygdom. Samtidig ses sygdommen hyppigst i de industrialiserede lande især USA og Vesteuropa. Et andet faktum er, at hvis man har ældre søskende, så har man også mindre risiko for at udvikle allergi.
Dette har medført at hygiejneteorien har fået stadig flere støtter og tilhængere. Ibegyndelsen fokuserede hypotesen på betydningen af tidlige infektioner, (derfor var det godt at have ældre søskende) men siden har man kigget på den totale påvirkning fra bakterier i miljøet og på det seneste har man særligt kigget på den normale kolonisering af spædbarnets tarm med “gode” bakterier.
Årsagen er en klar sammenhæng mellem den naturlige kolonisering af tarmen og udvikling af et effektivt immunsystem. Teorien er, at bakterierne medvirker til en modning af immunsystemet, så det ikke reagerer allergisk.
Studier af dyr, der ikke blev udsat for bakterier og derfor ikke havde naturlige bakterier i deres tarm, har vist at det er en nødvendighed, at tarmen koloniseres af naturlige mikroorganismer,for at kroppen kan udvikle et normalt reagerende immunsystem.
Undersøgelser af spædbørn i begyndelsen af århundredet afslører, at der var et stort antal af Bifidobakterier og Lactobaciller, som iøvrigt minder om den bakteriesammensætning, der ses i tarmfloraen hos børn fra udviklingslande.
I de vestlige moderne samfund ser det ud til, at mange babyer får bakterier med hjem fra hospitalet, som ikke hører med til vores normale tarmflora. Desuden ser det ud til, at barnets tarmflora koloniseres langsommere.
Kigger man så specifikt på børn, der bliver forløst ved kejsersnit, så ser man, at her er processen endnu langsommere. Dette antages så at have en negativ indflydelse på udviklingen af disse spædbørns tarmsystem og dermed deres immunsystem. Ofte ses det også, at barnet i forbindelse med kejsersnittet kommer i kontakt med forskellige antibiotika, som oså øver en negativ indflydelse på den normale bakteriesammensætning. Det antages at denne langsomme og ufuldstændige udvikling af tarmen og dermed immunsystemet kan medføre, at spædbarnet udvikler allergi under en eller anden form.